自2019年4月1日起，增值稅一般納稅人銷售交通運輸、郵政、基礎電信、建筑、不動產租賃服務，銷售不動產，轉讓土地使用權，銷售或者進口下列貨物，稅率為9%。其中包括糧食等農產品、食用植物油、食用鹽；自來水；飼料、化肥、農藥、農機、農膜。
對增值稅一般納稅人購進農產品，原適用10％扣除率的，扣除率調整為9％。即對于外購苗木花草，取得農產品銷售發票或收購發票，按照發票金額的9%計算進項稅額。增值稅一般納稅人購進農產品，從按照簡易計稅方法依照3%征收率計算繳納增值稅的小規模納稅人取得增值稅專用發票的，以增值稅專用發票上注明的金額和9%的扣除率計算進項稅額。增值稅一般納稅人購進農產品，取得流通環節小規模納稅人開具的增值稅普通發票，不得計算抵扣進項稅額。值得注意的是，增值稅一般納稅人從批發、零售環節購進適用免征增值稅政策的蔬菜而取得的普通發票，不得作為計算抵扣進項稅額的憑證。
《農產品增值稅進項稅額核定扣除試點實施辦法》（財稅[2012]38號）明確規定，農產品核定扣除辦法規定的扣除率為銷售貨物的適用稅率。如果納稅人生產的貨物適用稅率由16%調整為13%，則其扣除率也應由16%調整為13%；如果納稅人生產的貨物適用稅率由10%調整為9%，則其扣除率也應由10%調整為9%。
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